Deska trójwarstwowa jest tak skonstruowana, aby dobrze rozprowadzała naprężenia. Zapewnia jej to większą żywotność. Jednak znaczenie ma także dobór odpowiedniego rodzaju drewna. Każde inaczej reaguje na temperatury i posiada różną przenikalność cieplną. Gatunki o lepszej przenikalności pozwalają szybciej ogrzać pomieszczenie, co wiąże się z mniejszymi kosztami eksploatacji.
Popularnym materiałem jest dąb. Deski dębowe są twarde, o dość dużej wytrzymałości na kurczenie. Często jest także stosowana akacja, która wyróżnia się odpornością na wilgoć i rozciąganie. Wielu użytkowników decyduje się też na bardziej egzotyczne odmiany drewna takie, jak merbau, nadające się nawet do łazienek, ponieważ świetnie radzi sobie z nadmiarem wilgoci, czy zmianami temperatury. Inne gatunki to m.in. iroko, czy hevea.
Najlepiej wybrać drewno o wysokim współczynniku przewodzenia ciepła. Istotne jest także stosowanie się do zaleceń producenta podłóg drewnianych, który zamieszcza informacje, czy jego asortyment można stosować z ogrzewaniem podłogowym. Jeżeli tak jest, to nie ma przeciwwskazań do zastosowania folii grzewczej pod deskę. Dyskusyjna pozostaje wodna podłogówka w przypadku której rozkład ciepła jest nierównomierny.